Offline Next Generation Metagenomics Sequence Analysis Using MinION Detection Software (MINDS) - Deshpande Samir V.; Reed Timothy M.; Sullivan Raymond F.; Kerkhof Lee J.; Beigel Keith M.; Wade Mary M.; MDPI
Con el props̤ito de facilitar el anl̀isis de datos y evitar problemas logs̕ticos causados por fallas de conexiona internet, los autores de este artc̕ulo han desarrollado un paquete de anl̀isis de datos independiente utilizando herramientas de cd̤igo abierto desarrolladas por la comunidad Nanopore que no depende de la disponibilidad de Internet. El software de deteccin̤ offline MINDS se basa en el motor de clasificacin̤ Centrifuge para la identificacin̤ rp̀ida de especies. Es una red de clasificacin̤ offline en tiempo real que utiliza herramientas de acceso abierto desarrolladas por la comunidad Nanopore y que ha sido probada en 20 cepas ATCC; a travš del Kit de secuenciacin̤ (SQK-RAD004) fue posible identificar los 20 microorganismos a nivel de especie. Esta aplicacin̤ es una opcin̤ efectiva, econm̤ica y rp̀ida para el anl̀isis de muestras en campo especialmente en locaciones remotas.