Algoritmos de programacin̤ dinm̀ica con R para resolver problemas de alineamiento de secuencias
Esta investigacin̤ analiza e implementa mejoras consecuentes sobre algoritmos de alineamiento de secuencias basados en tčnicas de programacin̤ dinm̀ica. Como base fundamental se han utilizado algoritmos cls̀icos de alineamiento global Needleman-Wunsch y local Smith-Waterman respectivamente que han...
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| Format: | Book |
| Language: | Spanish |
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| Online Access: | Algoritmos de programacin̤ dinm̀ica con R para resolver problemas de alineamiento de secuencias |
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| Summary: | Esta investigacin̤ analiza e implementa mejoras consecuentes sobre algoritmos de alineamiento de secuencias basados en tčnicas de programacin̤ dinm̀ica. Como base fundamental se han utilizado algoritmos cls̀icos de alineamiento global Needleman-Wunsch y local Smith-Waterman respectivamente que han sido reprogramados por el autor en el lenguaje R para su optimizacin̤. Los algoritmos se han mejorado mediante tčnicas que se explican en el documento, principalmente penalizacin̤ por gaps y la utilizacin̤ opcional de matrices de puntuacin̤ de aminoc̀idos que permiten valorar alineamientos.Se muestran alternativas de programacin̤ de los algoritmos con librera̕s dinm̀icas desarrolladas en lenguaje C y una comparativa de tiempos de ejecucin̤. Adems̀, se desarroll ̤la plataforma multiagente MASBioseq, la cual permite distribuir y balancear la carga de los alineamientos de secuencias con mejoras de rendimiento que proporciona al usuario una interfaz grf̀ica accesible.La razn̤ fundamental de este desarrollo alternativo es comprobar la mejora del rendimiento que, como se demuestra, puede obtenerse con la compilacin̤ de determinadas partes del cd̤igo en los distintos lenguajes. En el documento se desarrollan todas las temt̀icas necesarias para la comprensin̤ del objetivo de los algoritmos y las tčnicas utilizadas. Esto incluye un estado del arte sobre bioinformt̀ica, bioestads̕tica, programacin̤ dinm̀ica, alineamiento y anl̀isis de secuencias biolg̤icas, matrices de puntuacin̤, tčnicas y tipos de alineamiento, agentes inteligentes, entre otros. |
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